L'òrgan de decisió del FMI és la Junta de Governadors, composada per un representant de cada estat membre, que normalment es reuneix un cop a l'any, a la tardor, durant l'Assamblea anual conjunta amb el Banc Mundial. La Junta de Governadors delega la gestió diaria del Fons a un Directori Executiu, composat per un director gerent del FMI, que la presideix (des de maig del 2000, el càrrec l'ocupa Horst Köhler), i per 24 directors executius.
Imatge d'una reunió del Directori Executiu.
Estats Units, Japó, Alemanya, França i el Regne Unit, com als 5 accionistes majoritaris del Fons, més Xina, Rússia i Arabia Saudita per voluntat pròpia, assignen un director executiu propi cada un. Els 16 restants es distribueixen entre els 167 països membres restants, que s'agrupen en grups de països o jurisdiccions, els quals escolleixen un director executiu cada 2 anys. El Directori Executiu es reuneix habitualment tres cops per setmana a Washington i s'ocupen, entre d'altres, de l'aprovació de les actuacions del FMI (és a dir, de les ajudes financers i les condicionalitats que hi van implícites). A més d'aquests dos òrgans, dissenyats a Bretton Woods, des de 1974 el FMI i el Banc Mundial compten amb el Comitè per al Desenvolupament i el Comitè Provisional (tot i que funciona de forma permanent des de 1974) sobre la gestió i adaptació del sistema monetari internacional, que es reuneixen dos cops a l'any (primavera i tardor). El Comitè Provisional és de gran importància dins de l'organigrama del FMI, ja que les decisions importants acostumen a sorgir d'aquest comitè.
En tots aquests organismes (junta de Governadors, Directori Executiu i Comitès de Desenvolupament i Provisional) es repeteix el mateix sistema de repartiment de poder: el poder de votació s'assignen en funció de les quotes de capital aportades per cada un dels països membres. És el mateix sistema de repartiment de poder que es fa servir al Banc Mundial o als Bancs Regioals de Desenvolupament. En aquest cas, com en d'altres, aquestes quotes es determinen en funció del pes relatiu de cada país en l'economia mundial. Tot i això, en aquest càlcul, no es té en compte la mesura del PIB en Paritat de Poder Adquisitiu, el que situaria a Xina com a segona potència mundial i colocaria a la Inda entre les set primeres. En el repartiment del FMI, els països del G7 tenen més del 45 % dels vots (i si incloem Russia arriben al 48,2 %), i EEUU per si sol té el 17 %, el que li atorga el dret a vet a l'hora de modificar les quotes (i, per tant, decidir si un país pot tenir o no més poder de decisió dins del Fons) o el Conveni Constitutiu del FMI, que requereixen el 85 % dels vots. La resta de decisions es prenen per majoria simple, la qual està totalment en mans dels països del centre del sistema econòmic, que en conjunt poseeixen més de la meitat dels vots.
