Al 1989 el Banc va començar a operar als països d'Europa central i de l'est, al autoritzar la junta de governadors 1.700 milions d'ECU entre 1989 i 1991 a Bulgaria, Hongria, Polònia, Romania i Txecoslovàquia (ara República Txeca i Eslovàquia). Aquesta ha estat des d'aleshores una de les àreas prioritàries d'actuació del BEI des d'aleshores, i sobre tot amb les possibilitats d'ampliació de la UE cap a alguns d'aquests països. Des de 1991 el BEI és un dels membres del Banc Europeu de Reconstrucció i Desenvolupament (BERD), que actua als països d'Europa de l'Est i Central i a Àsia Central. Des de la seva creació col·labora estretament amb aquest Banc Regional de Desenvolupament, intercanviant informació, coordinant plans d'acció i promovent projectes conjuntament.
El finançament ofert pel BEI ha anat creixent des de la seva creació fins a superar, al 1992, les xifres de préstecs del Banc Mundial. Així mateix, el BEI va anar augmentant el seu capital, passant de 14.400 milions d'ECU al 1981 a 28.800 milions al 1986, 57.600 milions al 1991 i 62.013 milions al 1995. Actualment el BEI està promovent una nova ampliació de capitals.
Al 2000, arrel de les conclusions del Consell d'Europa a Lisboa, en les que es feia una crida a un major suport a les operacions de recolzament a les PIMEs, la Junta de Governadors del BEI va decidir fundar el "Grup del BEI", que inclou el ja existent BEI i el Fons d'Inversió Europea (European Investment Fund). Aquest té com a objectiu oferir capital de risc i garantíes a les PIMEs dels països membres.
