El órgano máximo decisorio y de gobierno del BM (BIRF y AIF) es la Junta de Gobernadores, integrada por un representante de cada país miembro. Esta junta se reúne una vez al año, normalmente en otoño, juntamente con la Junta de Gobernadores del FMI. En estas reuniones se marcan las líneas de trabajo del BM para el año siguiente. El resto del año, se delega la autoridad operativa al Directorio Ejecutivo. Este es realmente el órgano director del BM, responsable en las decisiones sobre las políticas del Banco y de la aprobación de todos los préstamos.
El Directorio está actualmente formado por 24 directores ejecutivos: los cinco accionistas principales - Estados Unidos, Japón, Alemania, Francia y el Reino Unido - nombran cada uno a un director ejecutivo, al igual que China, Arabia Saudita y la Federación de Rusia, y el resto de países (174) están agrupados en 16 grupos, de forma que designan un nuevo director por grupo. Cada director tiene un número de votos proporcional a los dineros aportados por los países que representa. Esta lógica se repite en la Junta de Gobernadores, dónde la distribución de votos se hace proporcionalmente a los fondos aportados por los países miembros. Así, los países más poderosos dentro del Banco Mundial son: Estados Unidos (16,5 % de los votos del BIRF), Japón (7,92 %), Alemania (4,52 %), Francia (4,33 %) y Reino Unido (4,33 %). Todos cinco suman el 36.7 % de los votos (se debe tener en cuenta que este porcentaje es suficiente para vetar una decisión, ya que, en caso de no llegar a un consenso, las decisiones deben tomarse por mayoría de 3/4). La otra cara de la moneda la forman los países más pobres. Es el caso de un grupo de 24 países africanos, que tienen todos juntos un 2.01 % de los votos, lo que representa menos de una octava parte del poder de Estados Unidos. Finalmente, España tiene el 1,78% de los votos del BIRF y el 0,63% del AIF (Banco Mundial, Informe Anual 2001), y en el Directorio Ejecutivo comparte representante con Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, México, Nicaragua y Venezuela, de manera que todos juntos suman el 4,51% de los votos del BIRF y el 2,21% del AIF.
En relación a este funcionamiento, el ex-vicepresidente del BM, Joseph Stiglitz, llega a afirmar que "las instituciones (BM y FMI) están dominadas no sólo por los países industrializados más ricos, sino también por los intereses comerciales de estos países, lo que se refleja en las políticas de estas entidades (...). Aunque casi todas las actividades del BM y el FMI se desarrollan en el mundo subdesarrollado, estos organismos siempre están presididos por representantes de países industrializados (...). Las instituciones no son representativas de las naciones a las que sirven" (J. Stiglitz, El Malestar en la Globalización, 2002, p. 44).
El presidente del Banco Mundial, elegido por el Directorio Ejecutivo por mandatos de 5 años, lo es de todas las agencias, así como del mismo Directorio Ejecutivo. Desde su fundación, el Banco ha tenido siempre presidentes de nacionalidad norteamericana, mientras que el FMI siempre ha tenido presidentes europeos, a raíz de una especie de "pacto de caballeros" no escrito. Actualmente, el presidente del Banco Mundial es James D. Wolfesohn.
El personal total del Banco, a nivel mundial, es de aproximadamente 10.600 personas, de las cuales más de un 76 % trabaja en la sede del Banco en Washington. A pesar del centralismo que caracteriza el funcionamiento del Banco, este mantiene seis delegaciones regionales y 66 delegaciones nacionales en otros países. La mayor parte del personal cualificado en estas delegaciones está formado, no por personal local, sino por funcionarios o asesores del Banco llegados de otros países. En general, la plantilla del Banco está nutrida de profesionales de macroeconomía de diversas nacionalidades, entre las cuales destaca, muy por encima de las otras, la estadounidense, seguida de la británica y de la filipina (los que ocupan en su mayoría lugares de secretariado y administración).
