El FMI, a diferencia de los Bancos Multilaterales de Desarrollo, no realiza préstamos a largo plazo que, por lo tanto, generen deuda a largo plazo. A través de los servicios financieros del FMI, los países de la periferia con dificultades en la balanza de pagos pueden acceder a préstamos a corto o medio plazo. Estos préstamos son fuente de deuda a corto y medio plazo, la cual, además, ha de ser devuelta de forma "preferencial"; es decir, antes que otros préstamos, públicos o privados. El año 2001, el total de crédito que los países prestatarios del FMI tenían pendiente de desembolsar era de más de 65 mil millones de dólares. La tabla siguiente muestra la evolución de la deuda con el FMI (el total del crédito pendiente de desembolso cada año):

Fuente. FMI. Informe Anual 2001
*El cálculo está hecho en base a los datos ofrecidos por el FMI en DEG y su equivalente en dólares según la cotización del 18 de julio de 2002.
Hasta la entrada en vigor de la Iniciativa para los Países Empobrecidos Altamente Endeudados (PEAE o HIPC, por les iniciales en inglés de High Indebted Poor Countries), en 1996, el FMI no había participado ni puesto en marcha ninguna herramienta específica de alivio o cancelación de deuda. El FMI fue junto con el Banco mundial y los países del G7, impulsor de la la Iniciativa PEAE. En 1999, en la reunión del G7 en Colonia, se acordó la puesta en marcha de la iniciativa PEAE reforzada (HIPC II). Esta segunda versión de la Iniciativa PEAE incluye lo que se ha denominado Estrategias de Reducción de la Pobreza. A través de estas estrategias se busca que los recursos liberados por la iniciativa PEAE en concepto de condonación de deuda se destinen a la lucha contra la pobreza. De este modo, se intenta dar un rostro más humano a los programas de ajuste estructural, que siguen, más o menos explícitamente, siendo una condición sine qua non para acceder a las reducciones de deuda o a nuevos créditos por parte del BM, el FMI y el Club de París. Actualmente el FMI participa en esta Iniciativa como creditor, junto con el Banco Mundial, los Bancos Regionales de Desarrollo y los países creditores en el Club de París, asumiendo algunas obligaciones de reducción de parte de la deuda que los países PEAE tienen con el Fondo. En el marco de esta iniciativa, el FMI se ha comprometido a aportar a los países PEAE que han llegado al punto de decisión 2.121 millones de dólares en concepto de alivio de deuda (FMI, 12 de julio de 2002). Esta cantidad está sujeta a las aportaciones que otros países creditores hagan en el marco de la Iniciativa. Hasta julio de 2002, el FMI ha aportado a los países PEAE en el marco de la Iniciativa, un total de 1.107 millones de dólares, que han de ser utilizados para hacer frente a los pagos del servicio de la deuda que estos países tienen pendiente con el FMI. Los países PEAE, según datos de 2000, debían al FMI 11.119 millones de dólares. La deuda cancelada, por lo tanto, hasta finales de 2002 en el marco de la Iniciativa PEAE, no llega al 10% de la deuda total que los países PEAE tienen con el FMI y es inferior al 2% de la deuda total que todos los países de la periferia tienen con el FMI. Los principales prestatarios del FMI no son los países PEAE, pese a que sí son los únicos que se benefician de la poca ayuda que el Fondo otorga para aliviar el problema del endeudamiento.
Además, y según informaciones de Jubilee Plus, de los 21 países que están actualmente entre el Punto de Decisión y el Punto de Culminación bajo la Iniciativa PEAE, 9 han visto suspendida la ayuda del FMI debido a que no se han mantenido en los plazos y criterios de los programas vinculados al Servicio para el Crecimiento y la Lucha contra la Pobreza del mismo FMI. Es decir, han sido castigados por no cumplir con todos los criterios y plazos de la condicionalidad.
Cabe señalar también que el Ajuste Estructural que está implícito, de un modo u otro, en todos los servicios financieros del FMI, es de alguna manera una respuesta al problema de la deuda. Pese a que el objetivo inmediato de estas políticas es solucionar problemas de la balanza de pagos (sean esporádicos o más permanentes), un objetivo implícito es el de liberar recursos para poder hacer frente al pago de la deuda; es decir, equilibrar la balanza de pagos para que los problemas en ésta no afecten a los pagos pendientes de deuda a los países del Norte, instituciones financieras internacionales e instituciones financieras privadas.