El BAfD está regido por una Junta de Gobernadores, que incluye un gobernador por cada país miembro, y que decide las líneas directivas generales con relación a las políticas del Banco. Con la excepción de ciertas decisiones, especificadas en los acuerdos fundacionales del Banco, la Junta de gobernadores ha delegado sus poderes en una Junta de Directores, que es responsable de la dirección de las operaciones del Banco. Está compuesto por 18 Directores ejecutivos, 12 representantes de los países regionales y 6 de los países no regionales. La Junta de Directores aprueba todos los préstamos, garantías, inversiones y ayudas del Banco, y fija las pautas de la política a seguir en las operaciones del Banco. El presidente del Banco ha de ser necesariamente de nacionalidad de uno de los países miembros regionales, y es escogido cada 5 años. El presidente lo es tambíen de la Junta de Directores y, bajo su dirección, conduce los negocios del Banco.
Al igual que ocurre en otros Bancos Multilaterales de desarrollo, en el BAfD el poder de voto se distribuye según las aportaciones hechas al capital del Banco por cada uno de los países miembros. Así, mientras los 53 países regionales controlan el 59,35 % de los votos, los 24 países no africanos disponen del 40,65 %. El país con más porcentaje de votos es Nigeria, con el 9,28 %, seguido de EEUU (6,48 %), Japón (5,65 %) y Egipto (5,35 %).
